Medicininio audito sąvoka atsirado dėl akivaizdaus poreikio taikyti tuos pačius principus medicininei priežiūrai ir gydymui ir kritiškai juos vertinti, siekiant didesnio klinikinio sąžiningumo ir veiksmingumo.
Pirmąjį užregistruotą medicininį auditą atliko Bagdado vyriausiasis gydytojas Sinanas Ibnu Thabitas po to, kai dėl netinkamo gydytojo darbo mirė pacientas. Atlikus tyrimą, pirmą kartą buvo įvestas medicinos licencijavimo egzaminas, ir tik jį išlaikę gydytojai galėjo verstis medicinos praktika. Pasak Ibnu Al-Ukhuwwa: „Jei pacientas išgydomas, gydytojui sumokama. Jei pacientas miršta, jo tėvai eina pas vyriausiąjį gydytoją ir pateikia gydytojo išrašytus receptus. Jei vyriausiasis gydytojas nusprendžia, kad gydytojas puikiai atliko savo darbą. jis pasako tėvams, kad mirtis buvo natūrali, tačiau jei nusprendžia kitaip, jis jiems sako: paimkite iš gydytojo pinigus, jis nužudė jį dėl savo blogo darbo ir aplaidumo. Tokiu garbingu būdu jie įsitikindavo, kad medicina užsiima patyrę, gerai apmokyti asmenys”.
Kitas žymus medicininio audito šalininkas buvo Ernestas Codmanas (1869-1940). Po 1912 m. atlikto darbo, susijusio su chirurginių operacijų rezultatų stebėsena, E. Codmanas tapo žinomas kaip pirmasis tikras medicinos auditorius. E. Codmano idėja buvo sekti kiekvieno paciento ligos istoriją po operacijos, kad būtų galima nustatyti atskirų chirurgų klaidas, padarytas su konkrečiais pacientais. Kiekvienu atveju rezultatai buvo klasifikuojami kaip palankūs arba nepalankūs. Už nepalankius rezultatus, tokius kaip netinkamai nustatyta diagnozė, blogas klinikinis sprendimas, netinkama priežiūra ar įranga, reikėdavo atsakyti. Nors sveikatos priežiūros vertinimo istorijoje jo darbas dažnai pamirštamas, E. Codmano darbas padėjo numatyti šiuolaikinius kokybės stebėsenos ir užtikrinimo, atskaitomybės nustatymo, efektyvaus išteklių paskirstymo ir valdymo metodus.
Medicininis auditas įsitvirtino negreit. Tokia padėtis išliko maždaug 130 metų, nes tik maža dalis sveikatos priežiūros darbuotojų priėmė šį procesą kaip pacientams teikiamos priežiūros kokybės vertinimo priemonę. Tobulėjant klinikinio audito sampratai, keitėsi ir apibrėžimai, kuriais buvo siekiama apibūdinti ir paaiškinti šią idėją. Šie pokyčiai iš esmės atspindi perėjimą nuo XX a. viduryje vyravusio medicininio požiūrio prie šiuolaikinėje sveikatos priežiūroje taikomo daugiadisciplininio požiūrio. Tai taip pat atspindi pasikeitusį požiūrį nuo profesinio požiūrio į sveikatos priežiūros paslaugų teikimą prie požiūrio, orientuoto į pacientą.
Gydytojai tradiciškai yra individualistai ir nemėgsta, kai darbas yra tiriamas ir vertinami jų metodai, todėl reikėjo tikėtis įvairaus pobūdžio pasipriešinimo. Tačiau svarbu prisiminti, kaip pabrėžia A. E. Dugdale – „Medicininio audito tyrimas nėra tik bausmė už nesėkmę, bet ir prizas už kompetenciją”.